De Waddenacademie is als Kennisregisseur Waddengebied verantwoordelijk voor de versterking van integrale kennis over dit gebied en de directe omgeving om, op basis van onafhankelijke en objectieve informatie, bij te dragen aan een duurzame bescherming en ontwikkeling van de Waddenzee als natuurgebied en het behoud van het unieke open landschap, alsmede aan een duurzame ontwikkeling (‘veilig, vitaal en veerkrachtig’) van het Waddengebied.