De missie van de Waddenzee als Werelderfgoed is het beschermen en beheren van dit unieke, dynamische getijdenlandschap met zijn uitzonderlijke biodiversiteit, zodat het voor toekomstige generaties behouden blijft, terwijl ook duurzaam toerisme en gebruik mogelijk zijn, met speciale focus op samenwerking tussen Nederland, Duitsland en Denemarken.